1、根据实际使用情况，定期将初效过滤器拆下清洗，清洗周期一般为3~6个月。(若长期不洗，积尘将影响进风量不足而降低洁净效果)。
2、当正常调换或清洗初效空气过滤器后，仍不能达到理想的截面风速时，则应调节风机的工作电压(旋动旋钮)，从而达到理想的均匀风速(新工作台始用时把风机的工作电压调整到80V~90V即可)。
3、一般在使用十八个月后当风机工作电压调整至点时，仍不能达到理想之风速时，则说明高效空气过滤器积尘过多(滤料上滤孔已基本被堵，要及时更新)，一般高效空气过滤器的使用期限为十八个月。
4、更换高效空气过滤器时，应注意型号规格尺寸的正确(原生产厂家配置)，按箭头风向装置，并应注意过滤器的周边密封，无渗漏现象发生。
洁净工作台的工作原理
超净台的优点是操作方便自如，比较舒适，工作效率高，预备时间短，开机１０分钟以上即可操作，基本上可随时使用。在工厂化生产中，接种工作量很大，需要经常长久地工作时，超净台是很理想的设备。超净台由三相电机作鼓风动力，功率１４５～２６０Ｗ左右，将空气通过由特制的微孔泡沫塑料片层叠合组成的“滤清器”后吹送出来，形成连续不断的无尘无菌的超净空气层流，即所谓“高效的特殊空气”，它除去了大于０．３μｍ的尘埃、真菌和细菌孢子等等。超净空气的流速为２４～３０ｍ／ｍｉｎ，这已足够防止附近空气可能袭扰而引起的污染，这样的流速也不会妨碍采用酒精灯或本生灯对器械等的灼烧消毒。工作人员就在这样的无菌条件下操作，保持无菌材料在转移接种过程中不受污染。但是万一操作中途遇到停电，暴露在未过滤空气中的材料便难以幸免污染。这时应迅速结束工作，并在瓶上作出记号，内中的材料如处于增殖阶段，则以后不再用作增殖而转入生根培养。如为一般性生产材料，因极其丰富也可弃去。如处于生根过程，则可留待以后种植用。超净台电源多采用两相三线制，其中有一零线，连通机器外壳，应接牢在地线上，另外两线都是相线，工作电压是22０Ｖ。
超净台进风口在背面或正面的下方，金属网罩内有一普通泡沫塑料片或无纺布，用以阻拦大颗粒尘埃，应常检查、拆洗，如发现泡沫塑料老化，要及时更换。除进风口以外，如有漏气孔隙，应当堵严，如贴胶布，塞棉花，贴胶水纸等。工作台正面的金属网罩内是滤清器，滤清器也可更换，如因使用年久，尘粒堵塞，风速减小，不能保证无菌操作时，则可换上新的。
超净台使用寿命的长短与空气的洁净程度有关。在温带地区超净台可在一般实验室使用，然而在热带或亚热带地区，由于大气中含有高量的花粉，或多粉尘的地区，超净台则宜放在较好的有双道门的室内使用。任何情况下不应将超净台的进风罩对着开敞的门或窗，以免影响滤清器的使用寿命。
无菌室应定期用７０％酒精或０．５％苯酚喷雾降尘和消毒，用２％新洁尔灭抹拭台面和用具７０％酒精也可，用福尔马林４０％甲醛 加少量定期密闭熏蒸，配合紫外线灭菌灯每次开启１５分钟以上等等消毒灭菌手段，以使无菌室经常保持高度的无菌状态。接种箱内部也应装有紫外线灯，使用前开灯１５分钟以上照射灭菌，但凡是照射不到之处仍是有菌的。在紫外线灯开启时间较长时，可激发空气中的氧分子缔合成臭氧分子，这种气体成分有很强的杀菌作用，可以对紫外线没有直接照到的角落产生灭菌效果。由于臭氧有碍健康，在进入操作之前应先关掉紫外线灯，关后十多分钟即可入内。
在超净工作台上亦可吊装紫外线灯，但应装在照明灯罩之外，并错开照明灯平行排列，这样在工作时不妨碍照明。若将紫外线灯装入照明灯罩玻璃板 里面，这是毫无用处的，因为紫外线不能穿透玻璃，它的灯管是石英玻璃，而不是硅酸盐玻璃制成的。